El desarrollo de la maestría en ciencias con mención en agroecología se justifica por las siguientes razones:

En el mundo una de las actuales preocupaciones fundamentales es la producción de alimentos. Cada día aumentan los consumidores, pero las áreas destinadas para la producción de aquellos no aumentan en la misma proporción o en algunos casos se reducen las áreas prosperas en producción, para dar paso a otras modalidades que satisfacen las necesidades del hombre (construcción de viviendas y otros ) Por otra parte de la tecnología alcanzada en países desarrollados no pueden ser empleada en los países en vías de desarrollo, por falta de recursos necesarios para su adquisición  o la falta de especialización de sus técnicos e investigadores. 

En el Perú el área destinada a la producción de alimentos es infima en comparación con la superficie total del país (menos del 3% ) En las diferentes regiones existen modalidades de la producción agrícola.

Así en la costa esta constituida  por franjas en las áreas desérticas y se siembra durante todo el año, 

En la sierra, la siembra ocurre sólo una vez al año, aprovechando las temporadas de precipitaciones pluviales, que pueden ser regulares en algunos años o completamente irregulares en otros; y además están afectados por el cambio climático, lo cual origina inseguridad de las campañas agrícolas, en la selva dejo de existir la agricultura intensiva, se ve limitada por la falta de vías de comunicación el apoyo técnicas y económicas, para manejar adecuadamente la extensa Amazonía peruana.

En la región Arequipa, zona semidesértica, escasez de agua y tierras de cultivos la agriculturas se desarrolla en pequeñas zonas con producción de cultivos y la media intensiva, que requieren una inmensa inversión.

Esta agricultura basada fundamentalmente  en paquetes tecnológicos especialmente en las costa sierra media,  se están llevando a niveles productivos cada vez  menores con el deterioro del os suelos y el mal uso del agua de riego,

Incrementándose no sólo escasez de alimentos sino los problemas ambientales regionales tales como procesos de desertificación y mal manejo o gestión del agua